L'antiobiorésistance explose : misons sur la phagothérapie !

Les antibiotiques perdent leurs efficacités du fait qu’on en abuse à tort et à travers. Les bactériophages sont une solution prometteuse, mais il est urgent de changer les pratiques industrielles.

La phagothérapie pourra-t-elle sauver la médecine ? Étrange question : la médecine, dont la vocation est de sauver les humains, aurait-elle besoin d’être sauvée elle-même ? Hélas oui, car son arme principale, les antibiotiques, est en passe de perdre son efficacité, du fait qu’on en use et abuse à tort et à travers.

La découverte des virus bactériophages a été faite en 1917, par le médecin franco-canadien Félix d’Hérelle. Il s'agit de virus tueurs de bactéries grâce auxquels la médecine remporta de nombreux succès thérapeutiques jusqu’en 1945, date à laquelle ils furent “détrônés” par les antibiotiques et jetés aux oubliettes. Or, devant les craintes suscitées par le développement de l’antibiorésistance, certains médecins estiment que l’on devrait remettre en honneur l’utilisation des bactériophages. Parmi eux, le Dr Alain Dublanchet, ancien chef du laboratoire de microbiologie du centre hospitalier de Villeneuve-Saint-Georges, s’est particulièrement investi dans cette tentative de résurrection d’une thérapie oubliée.

Voici ce qu’il écrit sur ce sujet : « En France, Félix d’Hérelle a décrit en 1917 un phénomène particulier à partir des coprocultures de dysentériques évoluant vers la convalescence. Il pressentit la nature corpusculaire et non chimique de cette manifestation par la présence de plages claires au sein des nappes bactériennes (Shigella dysenteriae) développées en 24 heures sur les cultures. Il en conclut que la guérison de la maladie est provoquée par un “microbe invisible doué de propriétés antagonistes vis-à-vis du bacille de Shiga”. Félix d’Hérelle appela ce mangeur de bactéries “bactériophage” (aujourd’hui souvent appelé “phage”). Dès 1919, il montrait que l’administration orale d’un phage provoque la guérison des entérites bactériennes (à shigelle ou salmonelle) aussi bien chez l’homme que chez l’animal. Plus encore, il affirmait que les déjections d’un convalescent, par transmission directe, protège les proches contre la maladie (“immunité” contagieuse). Aujourd’hui, on connaît plusieurs milliers de phages différents, tous exclusivement parasites de bactéries. [...] Tout virus se multiplie dans une cellule vivante qui peut être celle d’un mammifère, d’une plante ou encore d'un procaryote (bactérie et archée). Un virus qui a pour hôte une bactérie est nommé bactériophage (phage). Un phage est très généralement spécifique d’une espèce bactérienne, voire uniquement de quelques souches d’une espèce. Dans la nature, les phages sont présents partout où il y a des bactéries, qui sont les hôtes d’au moins un phage. La thérapeutique qui utilise les phages pour traiter les infections bactériennes est appelée phagothérapie. [...] Actuellement, environ 6 000 phages différents ont été étudiés qui, au mieux, ne représenteraient que 10 % de l’ensemble des variétés présentes sur le globe. Numériquement, les phages sont les entités biologiques les plus abondantes, estimées à dix fois plus que l’ensemble des bactéries. On trouve des phages dans tous les milieux (eaux, sols, individus, plantes, etc.) »

Le Dr Dublanchet nous apprend également qu’il est possible d’associer des bactériophages et des antibiotiques (ces derniers étant, comme chacun sait, des champignons) pour obtenir une efficacité thérapeutique accrue. Nous connaissons depuis quelques années dans les pays occidentaux l’apparition de bactéries résistantes aux antibiotiques, du fait de l’utilisation excessive de ces derniers.

Mais ce que beaucoup de gens ignorent, c’est qu’une menace plus inquiétante encore se profile à l’horizon, du fait même de la fabrication industrielle des antibiotiques, qui se situe désormais principalement en Asie.

Un danger qui vient de loin

En effet, on a constaté que des usines installées en Chine et en Inde, et qui produisent la majeure partie des antibiotiques utilisés dans le monde, rejettent sans retenue leurs effluents et déchets dans l’environnement, provoquant une contamination des cours d’eau et des lacs, ce qui engendre la prolifération de superbactéries résistantes.

Il faut savoir qu’en Europe seulement environ 25 000 personnes meurent chaque année d’une infection qui ne peut plus être traitée. Or la perte d’efficacité des antibiotiques remet en cause les fondements de la médecine moderne. Outre leur rôle essentiel dans le traitement d’infections potentiellement fatales, de nombreuses procédures médicales en dépendent, comme les poses de prothèses ou les césariennes.

La France est le deuxième consommateur d’antibiotiques en Europe, derrière la Grèce, et l’antibiorésistance est en augmentation dans notre pays. En 2010 a été instauré un plan national d’alerte sur les antibiotiques couvrant la période 2011-2016. Bien que l’on ait constaté une baisse générale sur les dix dernières années, la consommation des antibiotiques est repartie à la hausse depuis 2010, et la France reste parmi les plus gros consommateurs européens d’antibiotiques. La Grande-Bretagne, pour sa part, a mis en place un groupe de travail dénommé Review on Antimicrobial Resistance et dirigé par l’économiste Lord Jim O’Neil. Ce groupe a rendu ses conclusions en mai 2016, et il estime que le nombre de décès dus à l’antibiorésistance pourrait passer de 700 000 personnes actuellement à 10 millions en 2050.

Le phénomène le plus inquiétant, c’est la capacité qu’ont des micro-organismes de voyager à la faveur des déplacements humains ou de marchandises, si bien que la résistance peut se propager rapidement à l’échelle mondiale. Par exemple, un voyageur visitant un pays où l’antibiorésistance est importante peut être porteur, ou même infecté, par des bactéries résistantes et déclencher alors une contamination. Cette résistance est donc un problème mondial, quel que soit le lieu où elle se déclare sur la planète. La menace est d’autant plus sérieuse que la recherche et le développement de nouveaux antibiotiques semble être dans une impasse. Les dernières générations d’antibiotiques ont été développées au cours des trente dernières années et 3 antibiotiques seulement sur les 41 en cours de développement se sont révélés efficaces sur les principales souches résistantes.

Le développement des bactéries résistantes aux antibiotiques résulte à l’évidence de la surconsommation ainsi que des abus de prescription pour la consommation humaine et vétérinaire. En 2015, le premier rapport sur l’“État des lieux sur les antibiotiques dans le monde rédigé par le Center for Disease Dynamics, Economics and Policy (CDDEP), basé à Washington, faisait état d’une augmentation de 30 % de la consommation humaine d’antibiotiques entre 2000 et 2010, passant de 50 milliards d’unités vendues à 70 milliards. Et ce chiffre devrait encore augmenter dans les décennies à venir, du fait de la croissance démographique et de la hausse du niveau de vie dans les pays émergents.

La consommation pour les usages vétérinaires devrait, elle aussi, croître rapidement dans les années à venir. En effet, la consommation actuelle devrait augmenter de 66 % d’ici à 2030. Pour la seule Chine, les quantités consommées devraient doubler pour la même période. La plupart des antibiotiques ne sont pas prescrits pour traiter les maladies déclarées des animaux, mais de manière préventive ou comme facteur de croissance, afin de compenser les conditions malsaines des élevages industriels. Ces élevages concentrationnaires d’animaux sensibles réduits à l’état d’objets sont l’une des grandes hontes de l’humanité dite civilisée, et nul doute qu’elle paiera ce forfait par la dégradation de sa propre santé.

Une pollution pharmaceutique qui s'aggrave

À cela s’ajoute un autre phénomène aux conséquences gravissimes : les fabricants émettent des quantités non négligeables d’antibiotiques qui finissent fréquemment dans les eaux usées et se mélangent aux effluents des activités agricoles et humaines, formant un environnement propice à la multiplication des bactéries résistantes dans des milieux où elles peuvent échanger ou partager leurs caractéristiques génétiques. Ces échanges peuvent se faire entre différentes souches bactériennes.

Les experts considèrent le développement de la résistance bactérienne engendrée par les résidus d’antibiotiques dans l’environnement comme étant « de loin, le risque majeur pour la santé humaine », ces résidus pouvant transformer aussi bien des bactéries pathogènes que des bactéries inoffensives en vecteurs de résistance.

En 2013, une étude sur la pollution pharmaceutique dans les pays fortement peuplés d’Asie, comme la Chine, l’Inde, le Bangladesh et le Pakistan, considère la délocalisation de la production d’antibiotiques dans ces pays à bas coûts comme une « sérieuse menace pour l’environnement ». Il a été mis en évidence que la plupart des sites industriels observés ne respectaient pas la réglementation environnementale en vigueur et se débarrassaient des effluents en les rejetant directement dans le réseau des eaux usées domestiques, sans traitement préalable, exposant ainsi les populations et les animaux à des bactéries résistantes par la formation d’aérosols ainsi que par l’eau et les cultures.

Ce constat a confirmé les premières observations de 2007 concernant la pollution des eaux observée aux environs des unités de production pharmaceutiques par une équipe suédoise à Hyderabad, haut lieu en Inde de la production de masse de médicaments. Ces chercheurs ont décrit des émissions importantes en provenance des usines de Patancheru, une zone industrielle proche de la ville. Et, dans un certain nombre de cas, ils ont relevé des concentrations d’antibiotiques plus importantes que ce que l’on peut trouver dans le sang de personnes subissant un traitement.

C’est ainsi que la concentration en ciprofloxacine, un antibiotique à large spectre d’action, était un million de fois plus élevée que la concentration résiduelle trouvée normalement dans les eaux traitées. La quantité totale de ciprofloxacine rejetée atteignait 44 kg, l’équivalent de la consommation totale d’un pays comme la Suède pendant cinq jours, soit une quantité suffisante pour traiter l’ensemble d’une ville de 44 000 habitants. Les études qui ont suivi ont révélé une contamination par les résidus médicamenteux des sédiments des cours d’eaux, des sols ainsi que des eaux de surface et souterraines à des niveaux inimaginables.

En 2014, une autre étude concernant le lac Kazipally, proche de Patancheru, montre l’incubation de 81 gènes identifiés de résistance contre « la plupart des principales classes d’antibiotiques » ainsi que des gènes activant le transfert de matériel génétique. Or cette soupe génétique est 7 000 fois plus importante que celle prélevée dans un lac suédois, où les chercheurs effectuèrent des prélèvements dans un but de comparaison, et où seuls 8 gènes de résistance ont été identifiés.

Les Chinois en première ligne

La pollution aux antibiotiques a aussi été mise en évidence sur plusieurs sites en Chine, où la résistance des bactéries aux antibiotiques est une menace croissante. Une étude récente a montré la présence du gène de résistance appelé New Delhi Metallo-Béta-Lactamase (NDM-1) dans plusieurs sites de traitement des eaux usées dans le nord de la Chine. Les scientifiques ont démontré que, pour chaque bactérie entrant dans le système de traitement des effluents, 4 à 5 bactéries résistantes en sortaient. Le gène NDM-1 rend les bactéries résistantes à la plupart des antibiotiques. Depuis la découverte de ce gène en 2008, le NDM-1 a été recensé dans plus de 70 pays dans le monde, montrant la rapidité de transmission de la résistance bactérienne.

La découverte récente du gène MCR-1, qui permet aux bactéries d’acquérir une immunité à tous les antibiotiques, y compris ceux de dernier recours, a été suivie de près et observée dans plus de 20 pays, comme le Danemark, la Malaisie, le Canada, l’Afrique du Sud, le Japon, la Thaïlande, la Suisse ou les Etats- Unis. En France, ce gène n’aurait été détecté que sur des animaux (dindes et cochons) ainsi que des produits alimentaires, ce qui n’est en rien rassurant. Cela fait craindre une possible perte de contrôle de la situation si les signaux d’alerte ne mènent pas à une action immédiate. La réalité brutale qui se dégage de toutes ces observations est que nous ne faisons pas suffisamment d’efforts pour contrer l’antibiorésistance. Nous devons agir sans délai contre ce danger qui menace toute l’humanité.

Et l’on doit mettre en évidence la terrible responsabilité des grands laboratoires occidentaux, qui ont cru pouvoir délocaliser la production d’antibiotiques dans des pays où les coûts de fabrication sont bien moindres mais où le “principe de précaution” ne figure pas encore dans la culture locale (si tant est qu’il figure suffisamment dans la nôtre).

Dans les pays émergents, il existe parfois un décalage dramatique entre la mise en pratique des techniques industrielles et les précautions et prudences qu’exigent leur emploi. Prenons pour exemple l’entreprise TUL, qui est l’un des principaux fabricants d’antibiotiques en Chine et qui possède six unités de production, dont United Laboratories en Mongolie-Intérieure et à Chengdu dans la Province du Sichuan. L’usine de TUL en Mongolie-Intérieure a fait l’objet de critiques répétées dans les médias et de la part des autorités locales à cause de sa mauvaise gestion des déchets. On lui reproche notamment le rejet d’effluents dans le lac Wuliangsuhai. En 2008, l’usine a dû cesser ses opérations et installer un système de traitement après qu’elle a été accusée d’avoir enterré secrètement ses déchets dans une décharge sauvage de 50 hectares. Ses effluents étaient aussi déversés dans des réseaux de canalisations finissant dans le fleuve Jaune. En mai 2014, l’unité de production d’United Laboratories a été fermée et ses opérations ont été suspendues pour plusieurs mois. Il faut savoir que la Chine est le champion de la production de sels de pénicilline – un élément fondamental pour la production de nombreux antibiotiques – et produit 80 à 90 % des ingrédients pharmaceutiques actifs pour les antibiotiques.

Le continent indien sévèrement touché

Mais la Chine n’est pas seule en cause. En Inde, les impacts environnementaux et sanitaires de la pollution engendrée par les antibiotiques, où de nombreuses matières premières chinoises sont transformées en produits finis, sont également une source de grande inquiétude. L’Inde a une industrie pharmaceutique très développée, avec des centres de production disséminés sur tout le territoire, notamment dans les États d’Andhra Pradesh, de Telangana, de Maharashtra, du Gujarat, de Tamil Nadu et du Bengale Occidental.

Or, comme je l’indiquais plus haut, les antibiotiques ont contaminé plusieurs ressources en eau à Hyderabad, dont les habitants subissent constamment les impacts de la pollution depuis plusieurs décennies. Car, bien entendu, ce sont les populations locales, indiennes ou chinoises, qui sont et seront les premières victimes de l’irresponsabilité coupable de certains de leurs industriels et de leurs cadres. En novembre 2015, une ONG indienne, le Center for Science and Environment (CSE), a publié une étude montrant que quinze des fabricants de médicaments opérant dans la zone industrielle de Patancheru-Bollaram, aux environs d’Hyderabad, ne respectent pas les réglementations environnementales.

En mars 2016, Nordea, une importante banque suédoise a publié un rapport examinant les « Impacts de la pollution pharmaceutique sur les communautés et l’environnement indien » à Hyderabad et Visakhapatnam, autre centre de production pharmaceutique dans l’État d’Andhra Pradesh. Ce rapport a mis en lumière le comportement irresponsable des entreprises produisant dans ces deux villes et leurs alentours. La conclusion de toutes ces études n’est que trop claire : le monde entier est sous la menace d’une véritable apocalypse médicale qu’il serait impossible d’enrayer si nous ne trouvons pas le moyen de substituer aux antibiotiques d’autres méthodes thérapeutiques.

Il est donc extrêmement urgent de remettre en vigueur la phagothérapie, laquelle pourrait bien être notre ultime recours contre la faillite programmée des antibiotiques. Il est malheureusement habituel aux humains d’attendre qu’une catastrophe se produise pour prendre les mesures qui eussent pu l’éviter.

C’est dès maintenant qu’il faut développer la production des bactériophages, afin que nous ne soyons pas pris au dépourvu lorsque les épidémies surgiront !


À lire aussi : Résistance aux antibiotiques : vive les phages !, par Jean Matouk


Basé sur l'article de :
Pierre Lance

Paru dans Mutuelle & Santé n° 93

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